Mesin jet meningkatkan kecepatan tertinggi bomber menjadi 493 mil per jam, meningkat sekitar 20% lebih dari pendahulunya. Layanan langit-langit YB-49 juga meningkat, menjadi pertimbangan penting untuk melarikan diri pencegat Soviet.
Namun, mesin bahan sangat boros hingga menyusutkan radius tempur YB-49 sehingga lebih sebanding dengan bomber menengah dibandingkan bomber jarak jauh B-36. Sayangnya, meski YB-49 bisa berlari lebih cepat dari B-36, ia tidak memiliki kecepatan setinggi B-47 Stratojet, bomber menengah baru Boeing.
Prototipe YB-49 mengalami nasib buruk dan misterius. Salah satu prototipe hilang dengan lima anggota awak pada Juni 1948, ketika pesawat melakukan penerbangan. Pesawat lain hilang ketika taksi dan nosewheel runtuh, menyebabkan kebakaran yang menghancurkan seluruh pesawat.
Angkatan Udara akhirnya membatalkan kontrak YB-49 pada Mei 1950, tidak lama setelah kecelakaan kedua ini. Prototipe terakhir, varian pengintaian, terbang sampai 1951 dan dibatalkan pada tahun 1953.
Banyak pihak meyakini Angkatan Udara telah sengaja menyabotase program YB-49 untuk melindungi B-36 dan program pembom lainnya. Jack Northrop, pendiri perusahaan, percaya bahwa Angkatan Udara membatalkan YB-49 karena dia tidak setuju untuk merger dengan Convair.
Sebuah rumor gelap menyiratkan bahwa kecelakaan yang dialami oleh prototipe YB-49 adalah hasil dari sabotase. Tetapi tidak pernah ada bukti yang mendukung dugaan itu.
Northrop tidak akan menyadari keberhasilan membangun pesawat sayap terbang sampai dekade kemudian. B-2 Spirit, meski memanfaatkan teknologi yang sangat berbeda, memiliki kemiripan visual yang kuat dengan sepupu jauhnya.
Memang, dua pesawat memiliki lebar sayap yang persis sama. Northrop mengadopsi bentuk sayap terbang B-2 karena menawarkan keuntungan radar cross section yang lebih rendah.
Kemajuan teknologi fly-by-wire telah membuat B-2 jauh lebih mudah untuk terbang dibandingkan YB-49 (atau XB-35). Semua indikasi menunjukkan bahwa pembom siluman Northrop Grumman B-21 Raider yang sedang dibangun juga memiliki konfigurasi yang sama, seperti yang pembom strategis Xian H-20 yang dibangun China dan Tupolev PAK DA Rusia.
Meskipun YB-49 tidak pernah mencapai produksi penuh, pengalaman dengan pesawat ini membantu memvalidasi konsep yang sekarang mendominasi pemikiran internasional pada desain pembom strategis.